Постоянная экспозиция площадью 1500 кв.м. представляет лучшие образцы из коллекции знаменитого Ново-Иерусалимского музейного комплекса, начало формирования которой было положено в 1920-е года, когда музей был основан на территории монастыря.  Экспозиция дает возможность самому широкому кругу посетителей узнать об истории создания Ново-Иерусалимского монастыря, личности его создателя – патриарха Никона, истории России в XVII веке, трагических событиях Великой Отечественной войны и планах по развитию территории комплекса в XXI столетии. 

Центральный зал экспозиции организован вокруг ядра-амфитеатра, в котором размещена мультимедийная инсталляция. Масштабный макет территории архитектурного ансамбля оживляется видеопроекцией – маппингом – синхронизированным с фильмом на широкоформатном экране выше. За несколько минут у посетителя есть возможность в доступном и эффектном формате увидеть основные этапы истории места и подготовиться его к детальному осмотру связанных с ними артефактов из коллекции музея.   

В нишах, окружающих центральное ядро, представлены тематические подборки экспонатов. Личные вещи патриарха Никона, иконы, книги, сокровища из ризниц Иверского и Воскресенкого монастырей, оригинальные изразцы и живописные полотна – всего около 450 единиц хранения, которые раскрывают новаторский дух Ново-Иерусалимского монастыря, его роль в истории и культуре России. Разработанные для каждого комплекса индивидуальные витрины сопровождаются традиционными настенными экспликациями и этикетажем, а современные тачскрины с расширенной информацией позволяют посетителю самостоятельно выбрать уровень погружения в тему. 

Центральное ядро экспозиции окружено двумя анфиладами из камерных, сомасштабных человеку залов. Четыре зала по правой стороне раскрывают тему России в XVII веке. Левое крыло посвящено истории монастыря и музея в XX столетии, а также настоящему и будущему Нового Иерусалима.